2008年7月18日（金)・19日（土)・20日（日） 岐阜ﾒﾓﾘｱﾙｾﾝﾀｰGMC長良川スイミングプラザ：50mプール
| 氏名 | 距離 | 種目 | 予選記録 | 順位 | 決勝記録 | 順位 | 備考 | |
| 伊藤 健太 | 50m | 自由形 | 0:23.95 | 1 | 0:23.06 | 優勝 | 全国大会標準記録突破 | 大会新記録 |
| 100m | 自由形 | 0:52.89 | 1 | 0:50.18 | 優勝 | 全国大会標準記録突破 | 高校新記録 | |
| 大矢 敏樹 | 100m | 自由形 | 0:54.62 | 8 | 0:53.96 | 7位 | 全国大会標準記録突破 | |
| 200m | 自由形 | 1:58.88 | 8 | 1:57.90 | 5位 | |||
| 森山 幸祐 | 400m | 自由形 | 4:25.46 | 22 | ||||
| 1500m | 自由形 | 17:27.12 | 19 | |||||
| 伊藤 忠治 | 100m | 背泳ぎ | 1:00.57 | 5 | 1:00.17 | 4位 | 全国大会標準記録突破 | |
| 400m | 個人ﾒﾄﾞﾚｰ | 4:37.28 | 3 | 4:36.42 | 3位 | 全国大会標準記録突破 | ||
| 福地 勇亮 | 100m | 背泳ぎ | 1:00.78 | 6 | 1:00.57 | 5位 | 全国大会標準記録突破 | |
| 200m | 背泳ぎ | 2:10.63 | 6 | 2:10.43 | 3位 | 全国大会標準記録突破 | ||
| 國吉 海人 | 200m | 背泳ぎ | 2:14.43 | 11 | ||||
| 後藤 涼佑 | 100m | 平泳ぎ | 1:06.26 | 3 | 1:04.17 | 優勝 | 全国大会標準記録突破 | |
| 200m | 平泳ぎ | 2:22.68 | 1 | 2:18.75 | 優勝 | 全国大会標準記録突破 | 大会新記録 | |
| 服部 敏幸 | 100m | 平泳ぎ | 1:05.53 | 1 | 1:05.16 | 2位 | 全国大会標準記録突破 | |
| 200m | 平泳ぎ | 2:23.75 | 5 | 2:23.18 | 5位 | 全国大会標準記録突破 | ||
| 伊藤 将 | 200m | ﾊﾞﾀﾌﾗｲ | 2:14.86 | 19 |
| 予選 | 400m | ﾒﾄﾞﾚｰﾘﾚｰ | 記録 | 順位 | 記録 | 順位 | 備考 | |
| 内藤 智 | 服部 敏幸 | 伊藤 将 | 大矢 敏樹 | 4:00.06 | 全国大会標準記録突破 | |||
| 決勝 | 400m | ﾒﾄﾞﾚｰﾘﾚｰ | ||||||
| 伊藤 忠治 | 後藤 涼佑 | 伊藤 健太 | 大矢 敏樹 | 3:50.27 | 2位 | 全国大会標準記録突破 大会新記録 |
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| 決勝 | 400m | ﾘﾚｰ | ||||||
| 大矢 敏樹 | 内藤 智 | 福谷 佳洋 | 伊藤 健太 | 3:36.84 | 3位 | 全国大会標準記録突破 | ||
| 決勝 | 800m | ﾘﾚｰ | ||||||
| 伊藤 健太 | 大矢 敏樹 | 後藤 涼佑 | 福谷 佳洋 | 7:51.77 | 3位 | 全国大会標準記録突破 |