期日：2009年2月21日(土）・22日(日）
場所：東京辰巳国際水泳場
| 距離 | 種目 | 予・決 | 記録 | 順位 | 備考 | |
| 伊藤 健太 ３Ａ | 50m | 自由形 | 予選 | 22秒19 | 1位通過 | 高校新記録 |
| 決勝 | 22秒23 | 5位 | ||||
| 100m | 自由形 | 予選 | 49秒18 | 10位通過 | ||
| B決勝 | 48秒99 | 11位 | 高校新記録 | |||
| 大石 恵梨 １A | 100m | バタフライ | 予選 | 59秒48 | 9位 | |
| B決勝 | 59秒17 | 11位 | ||||
| 200m | バタフライ | 予選 | 2分08秒46 | 5位通過 | ||
| 決勝 | 2分08秒20 | 6位 | ||||
| 後藤 涼佑 １A | 50m | 平泳ぎ | 予選 | 29秒06 | ||
| 200m | 平泳ぎ | 予選 | 2分14秒03 |